直到19世纪初，学术界开始有人站在学者的角度批判此书，并质疑马可·波罗。德国学者徐而曼是最早提出马可·波罗根本没有到过中国的论证，认为所谓他在元朝17年的历史完全是荒诞的捏造，为游记而编排拙劣的教会传奇故事，是为了传教士和商人的利益，借以激发感化蒙古人的热情以便到中国通商而创作的。并且说，波罗一家最远不过到达大布哈里亚（Bucharia）境内，关于蒙古帝国的情况是从曾到过该地的商人们口中听来的；关于印度、波斯、阿拉伯及埃塞俄比亚的叙述则抄自阿拉伯著作。1965年，德国汉史学家福赫伯则列举了许多疑点，如扬州做官、襄阳献炮等疑点加以印证。1979年，美国学者J.W.Haeger（海格尔）翻检《马可·波罗游记》全文，撰成《马可·波罗到过中国吗——从内证中看到问题》一文提出质疑。1982年，英国《泰晤士报》发表了英国学者C.Clunas（克雷格·克鲁纳斯）《探险家的足迹》的一文，提出四条疑问对波罗到过中国一说提出质疑。与此同时，中国国内学者也有不少人质疑马可·波罗。不过都是写些短文或在其他论文中附带提及。1995年，英国学者Frances Wood（吴芳思）博士经过多年研究，把所有的疑问写成了一本书《马可·波罗到过中国吗？》，从而成为“怀疑论者”的代表。国内“肯定论者”以杨志玖先生为代表。他从40年代起就不断地同国内外的“怀疑论者”进行论战。国外许多学者也认为或承认马可·波罗曾到过中国以及《马可·波罗游记》的真实性。其代表性人物是德国的傅海波、英国的亨利·玉尔和法国的伯希和。在19世纪90年代，英国的马可·波罗研究专家亨利·玉尔在他的《马可·波罗游记——导言》中一一列举了《马可·波罗游记》中存在的缺陷和失误。他认为《马可·波罗游记》中对中国的记载有多处缺陷，如根本没有记载任何关于长城、茶叶、妇女缠足、用鹭鸶捕鱼、人工孵卵、印刷书籍、中国汉字及其它奇技巧术和怪异风俗等等，还有许多不确定的地方，如中国的地名多用鞑靼语或波斯语、记载成吉思汗死事及其子孙世系关系失误、攻陷襄阳城等等。但是他没有怀疑过马可·波罗到过中国这一事实。德国的马可·波罗研究专家傅海波曾经说过，“不管怎样，在没有举出确凿证据证明马可·波罗的书只是一部世界地理志，其中有关中国的几章是取自其它的、也许是波斯的资料（他用了一些波斯词汇）以前，我们只好作善意解释，假定（姑且认为）他还是到过中国。”法国的东方学家伯希和虽然花费了很多时间为《马可·波罗游记》作了大量的注释，但对马可·波罗书中的疏失也是表示谅解的，基本承认马可·波罗到过中国。